上海海洋大學博物館是依托魚類學、水生生物學、海洋生物學、資源學等學科底蘊而建的特色展館，下轄鯨館、水生生物科技館，是專業從事收集、研究、展示海洋生物及其文化的博物館。鯨館位于楊浦校區，展示面積約900平方米，“鎮館之寶”是一條體長18.4米長的雄性抹香鯨外形與骨骼標本。水生生物館位于臨港校區，展示面積約300平方米，展覽主線按長江流向從源頭一直到東海，圍繞“人類與水世界和諧共處”主題，通過栩栩如生的水生生物標本和圖文并茂的展板，利用燈光布景與現代化多媒體技術，營造多姿多彩的水生生物世界。
上海海洋大學博物館一直以“普及海洋科學，傳承海洋文化”為己任，致力于海洋社會教育事業。2000年被評為“上海市水生生物科普教育基地”，多次被評為“上海市優秀科普教育基地”，2014年獲“全國水產科普教育示范基地”稱號。
